Un anno dopo la conclusione dei fatti raccontati in Metro 2033, la narrazione riprende dalla stazione "Sevastopolskaya" della Metropolitana di Mosca. Dopo vent'anni dall'inizio della guerra, il mondo in superficie resta completamente ostile all'homo sapiens. I cittadini della "Sevastopolskaya" hanno trasformato la stazione in una piccola fortezza per sopravvivere alle infinite ondate di mostri provenienti dalla vicina stazione "Chertanovskaya". Considerano la loro casa come una specie di "Sparta", addestrando i loro guerrieri così bene da essere temuti dal resto della metropolitana. In più, gli ingegneri della "Sevastopolskaya" sono riusciti a costruire numerose stazioni idroelettriche in grado di utilizzare le correnti sotterranee, rendendole un'inestimabile scorta di elettricità per "Ganza" e il resto della metropolitana moscovita. Tutto sembra procedere per il verso giusto, ma c'è un problema fatale che neanche i coraggiosi abitanti di "Sevastopolskaya" possono risolvere: la distanza dal centro. La stazione è situata nella remota periferia della metropolitana di Mosca e le zone settentrionali sono disabitate. E ovviamente per un buon motivo. Infatti, "Tulskaya" è l'unica stazione settentrionale affidabile prima di "Ganza" e, se qualcosa dovesse accaderle, "Sevastopolskaya" perderebbe le munizioni e le provviste necessarie a respingere le orribili creature.