Da quando una guerra nucleare ha devastato la Terra, gli ultimi moscoviti hanno cercato di sopravvivere costruendo una nuova civiltà nelle profondità della vecchia rete della metropolitana. Questa presunta sicurezza, però, si dimostra presto ingannevole: infatti, due anni dopo essere stati salvati da Artyom, gli abitanti sono minacciati da epidemie che mettono a rischio l'approvvigionamento di cibo e da conflitti ideologici sempre più gravi. L'unica salvezza pare risiedere in un ritorno in superficie: ma questo è ancora possibile? Contro ogni logica, Artyom tenta un viaggio senza speranza apparente verso un mondo il cui silenzio misterioso nasconde un terribile segreto…