Dopo quasi vent'anni di assenza il dottor Hoppe ritorna nella sua cittadina d'origine in compagnia dei figlioletti: tre gemelli identici in tutto, anche nella loro anomalia Tisica. L'inatteso arrivo turba la vita del paese, quattro case incastonate tra le valli al confine tra Belgio, Olanda e Germania. Gli abitanti iniziano a spiare i movimenti della strana famiglia, a interrogarsi sull'assenza della madre, sul misterioso viavai di materiali da laboratorio, e sul bizzarro comportamento dei bambini, solitari, inespressivi, silenziosi. Col passare del tempo, all'interno della comunità la popolarità del dottore cresce grazie ad alcune guarigioni miracolose; ma il suo atteggiamento sfuggente e il mistero che aleggia intorno ai figli, sempre costretti tra le mura domestiche, alimentano voci sulla possibilità che siano affetti da una grave malattia. La sola presenza ammessa nella casa del medico è Charlotte, un'ex insegnante elementare che si dedica alla cura dei bambini, e che finirà per ritrovarsi al centro di una tela di ragno dalla quale non sarà possibile alcuna via di fuga. La fabbrica dei bambini è un romanzo sulla fragilità umana, sui tanti segreti e silenzi che accompagnano la nostra vita e, insieme, sulle imprevedibili conseguenze della ricerca e della sperimentazione scientifica.