Jeremy, Aelita, Ulrich, Yumi e Odd non sanno che, portando Eva Skinner nella fabbrica del supercomputer, hanno rivelato al loro peggior nemico dove si trova l'accesso a Lyoko. E non solo a lui, perché a spiarli c'era Grigory Nictapolus, lo spietato agente del gruppo terroristico chiamato Green Phoenix. Così, quando Jeremy riunisce i mondi di Lyoko e della Prima Città, X.A.N.A. riacquista la sua antica potenza e decide di allearsi con la Green Phoenix, attivando la terribile arma che il mondo virtuale custodisce...