Jeremy, Aelita, Ulrich, Odd e Yumi pensano di aver sconfitto X.A.N.A. e di aver spento il supercomputer per sempre… non è così. L’entità malvagia che abitava Lyoko è entrata nel mondo reale e ha preso possesso di Eva Skinner, la nuova compagna di scuola. Inoltre un oscuro personaggio con due cani feroci al seguito spia tutte le loro mosse. L’agente lavora per un gruppo terroristico, la Green Phoenix, che da sempre cerca di impossessarsi del supercomputer...