Dopo che il mondo-fortezza di Reach è stato distrutto, insieme ai suoi coraggiosi difensori, un solo incrociatore è riuscito a fuggire a quel massacro, con a bordo gli unici umani superstiti: il capitano Keyes e il suo equipaggio composto da poche centinaia di marine, più l'ultimo super-soldato del progetto SPARTAN rimasto - Master Chief. Master Chief si schianta su Halo nel bel mezzo di una massiccia occupazione Covenant; con lui c'è Cortana, l'intelligenza artificiale dell'incrociatore. Stranamente, i soldati alieni sembrano alla ricerca di qualcosa nascosto sulla superficie dell'anello. Costruito da una razza estintasi da tempo, Halo custodisce molti segreti mortali, ma uno in particolare getta delle ombre inquietanti su tutto. Ora Master Chief deve guidare i soldati rimasti in una corsa contro il tempo...