La storia è ambientata duecento anni dopo il suicidio di Ellen Ripley nella colonia penale di Fiorina 161. Le megacompagnie (come la Weyland-Yutani) non esistono più. Dei mercenari spaziali, a bordo di una nave chiamata Betty, sono stati incaricati di rapire delle navi per venderne i passeggeri ibernati ad un gruppo di scienziati che, a bordo di una nave militare (la U.S.S. AURIGA) sta effettuando esperimenti segreti genetici sugli xenomorphi e che hanno quindi bisogno di ospiti per i Facehugger.
Con l'intento di riuscire a produrre una regina xenomorpha , Ellen Ripley viene riportata in vita tramite la clonazione, perché i membri della Weyland-Yutani che erano scesi sul pianeta Fiorina 161 erano riusciti a rinvenire nel laboratorio medico dello stesso pianeta una provetta contenente un prelievo di sangue della stessa Ripley.