La storia si apre verso la fine del 2007, due anni dopo gli eventi di Metal Gear Solid, sul ponte George Washington a New York. Solid Snake e Otacon ora fanno parte di Philantropy, un'organizzazione riconosciuta dalle Nazioni Unite costituita allo scopo di eliminare i vari Metal Gear fabbricati in seguito alla vendita sul mercato nero da parte di Revolver Ocelot dei dati del Metal Gear REX. Snake, aiutato via codec da Otacon, sta indagando riguardo al nuovo Metal Gear RAY, sviluppato dai Marines come difesa contro la proliferazione di varianti del Rex. Mentre i Marines trasportano il Ray sulla petroliera U.S.S. Discovery per condurlo in un sito segreto per dei test sul campo, alcuni soldati attaccano la nave calandosi da degli elicotteri.