L’ex-agente speciale di FOXHOUND Solid Snake viene richiamato in servizio per una missione ad alto rischio: neutralizzare una crisi di portata mondiale. Una squadra di agenti rinnegati di FOXHOUND ha preso il controllo di una struttura per lo smantellamento di armi nucleari costruita sull’isola di Shadow Moses, nell’arcipelago delle Aleutine. Se le loro richieste non verranno soddisfatte, un’arma topsecret e dalla potenza devastante colpirà i punti nevralgici degli USA. La missione di Solid Snake è semplice: infiltrarsi nella base, salvare gli ostaggi e distruggere la super arma. Ma dovrà fare i conti con trappole diaboliche, soldati geneticamente modificati e sei nemici dalle abilità straordinarie. Da solo in territorio ostile, armato solo della sua astuzia, Snake dovrà ricorrere a ogni mezzo possibile per distruggere il suo obiettivo e impedire che una catastrofe nucleare sconvolga il pianeta. Ma niente è come sembra. Qualcuno nasconde qualcosa. Qualcuno ha dei piani segreti. E qualcuno vuole che Snake porti alla luce i terribili segreti che si celano nel suo passato.