Il programma Spartan-II è ormai di pubblico dominio. I super-soldati che si oppongono da soli all'attacco delle forze Covenant sono già diventati una leggenda. Mentre Master Chief difende la Terra assediata e le mille fazioni dei Covenant continuano la loro crociata per spazzare via l'umanità, la "Sezione Tre", una cellula segreta dell'Office of Naval Intelligence, dà il via a un progetto che permetterà all'UNSC di guadagnare tempo prezioso. Per portarlo a termine, però, servono centinaia di volontari... e uno Spartan.