Il super computer militare che hanno appena riattivato trasporta Jeremy, Yumi, Ulrich e Odd all'interno di Lyoko, un mondo digitale parallelo abitato da X.A.N.A., una malvagia intelligenza artificiale che vuole controllare il mondo reale. Lì i quattro amici incontrano anche una ragazzina anti-virus, l'unica arma contro X.A.N.A. Si chiama Aelita e non ricorda quasi nulla del suo passato. Un passato indissolubilmente legato a Lyoko e ai suoi segreti...