Per rispondere alle crescenti minacce alla sicurezza degli Stati Uniti e ai programmi sempre più sofisticati con cui terroristi e organizzazioni criminali proteggono i loro piani, la NSA (Agenzia di Sicurezza Nazionale del governo americano) ha istituito un dipartimento supersegreto: Third Echelon. I suoi agenti sul campo sono abilissimi, invisibili, micidiali. Operano in assoluta solitudine e hanno licenza di spiare, rubare o distruggere dati preziosi, registrare conversazioni compromettenti, falsificare prove scottanti. E uccidere. La loro prerogativa è di agire nell'ombra, grazie all'ausilio di apparecchiature tecnologiche di ultima generazione. Se dovessero cadere in mani nemiche, il governo americano negherà ogni legame con loro, nessuno muoverà un dito per salvarli. Sam Fisher è il primo degli agenti scelti, il migliore. In un crescendo di tensione e colpi di scena, Fisher dovrà scoprire chi si nasconde dietro il cartello di trafficanti d'armi conosciuto come The Shop, i cui sicari danno la caccia agli agenti di Third Echelon per sterminarli senza pietà, distruggendo ogni prova della loro esistenza. Allo stesso tempo, Fisher è alla ricerca del fantomatico capo di Shadows, un'organizzazione terroristica ancora più potente di Al Qaeda e a cui sono attribuiti spettacolari attentati in tutto il mondo. Attraverso l'Iraq del dopo Saddam e il nuovo governo filo-occidentale, la Turchia in bilico tra Europa e Medio Oriente e i nuovi stati indipendenti dell'ex Unione Sovietica, per poter concludere la sua missione Fisher deve infiltrarsi in depositi d'armi, uffici amministrativi super sorvegliati e complessi industriali che nascondono segreti troppo pericolosi. Ma le cose si complicano quando sua figlia Sarah viene rapita durante una vacanza a Gerusalemme, mentre le connessioni tra The Shop e Shadows si fanno più strette e il tempo a disposizione di Fisher sta per scadere: i terroristi stanno per mettere in atto la loro ultima e terribile follia.