Stazione Epsilon-Nove: gli operatori al quadro di comando della Flotta Stellare osservano stupefatti i tre potenti incrociatori Klingeriani che durante una ricognizione vengono annientati da una sconosciuta e temibile "Intrusa". E subito dopo notizie ancora più sinistre giungono al quartir generale della Flotta Stellare a San Francisco: un misterioso e micidiale alieno si sta dirigendo verso la Terra, penetrando nel terreno della Federazione alla velocità di curvatura 7. Solo la U.S.S. Enterprise, rammodernata con le migliori armi della Flotta, può contrastare questo pauroso assalto. E col Capitano Kirk che ne riprende il comando, con Spock, Scott, Mc Coy, Sulu e Uhura e il resto dell'equipaggio, la famosa nave spaziale raggiunge la velocità di iper propulsione e si getta nello spazio profondo, verso la forza più incredibile e distruttiva che abbia mai incontrato.