Il capitano Kirk ed il suo equipaggio sono in missione per investigare la misteriosa ondata di violenza che ha colpito gli Helvani... rivoluzioni, tumulti di massa, orribili torture. Ma questo caos fa parte di un esperimento eseguito da un potere inimmaginabile, che in breve tempo si manifesta anche a bordo dell'Enterprise.
Il capitano Kirk è tormentato da violente allucinazioni, e viene rimosso dal comando. Spock prende il suo posto, ma i suoi ordini appaiono irrazionali... persino crudeli.
Se questo terribile potere non verrà fermato, dopo l'Enterprise sarà l'intera galassia a cadere nei letali meccanismi di un progetto su scala cosmica. Un progetto che deve risolvere l'imperfezione fondamentale di tutte le razze intelligenti. Anche a costo di miliardi di vite. Ma il fallimento del progetto potrebbe significare il completo annientamento dell'universo...