In una caverna del Texas settentrionale qualcosa ha dormito per oltre trentacinquemila anni, dall'ultima glaciazione a oggi, fino a quando un gruppo di ragazzini incappa in questa scoperta abominevole e letale. Il ritrovamento attira l'attenzione tutt'altro che disinteressata del misterioso gruppo noto come il Sindacato. Riusciranno questi burattinai planetari a salvare l'umanità, o provocheranno invece un Armageddon virale? Intanto, nella vicina Dallas, gli agenti speciali dell'FBI Fox Mulder e Dana Scully, distaccati ad altri incarichi per la chiusura della sezione X-Files, riescono a salvare centinaia di vite da un attacco terroristico contro un edificio federale. Ma la relativa indagine ufficiale metterà a repentaglio le loro carriere e le loro vite, dato che al Bureau servono dei capri espiatori. Cosa sta succedendo? Per cercare di rispondere a questi interrogativi Mulder e Scully andranno in trasferta dal quartier generale di Washington fino a un laboratorio segreto sul confine texano e poi in un deserto di ghiaccio, dove i loro sospetti di un complotto internazionale troveranno conferma. E quando Scully viene rapita e infettata con il virus alieno, a Mulder rimarranno poche ore per trovare l'antidoto e la prigione della collega, prima che sia troppo tardi, per tutti noi. Potrà un solo uomo salvare il futuro?