Gli agenti speciali Dana Scully e Fox Mulder, cioè i componenti della squadra X-Files dell'FBI, che indaga sui casi irrisolti e sui fatti inspiegabili, sono spediti in missione in California in seguito alla strana morte di uno degli scienziati di punta di un centro di ricerche avanzate sulle armi atomiche: il dottor Emil Gregory è stato ucciso da una vampata di calore e radiazioni di potenza inusitata, una specie di microbomba atomica che ha incenerito lo scienziato, lasciando praticamente intatta la parte restante dell'edificio. Durante le indagini, Dana e Fox apprendono come Gregory e il suo gruppo di ricercatori stesse lavorando a un misterioso Progetto Incudine Splendente, un prototipo rivoluzionario di testata nucleare. A breve distanza di tempo si verificano altre due morti dalla meccanica similare: un vecchio allevatore, ex proprietario dei terreni su cui si era svolto il primo esperimento nucleare della storia, e una importante funzionaria del Ministero dell'Energia, coinvolta nel progetto segreto. Tutte le vittime avevano ricevuto pochi minuti prima dell'incidente una busta contenente un campione di strana cenere nera, dal quale sembra essersi scatenata la fiamma devastante. Il mittente di questi messaggi di morte è Ryan Kamida, un facoltoso importatore delle Hawaii che ha visto morire la sua gente in seguito a un esperimento atomico nelle isole del Pacifico, e che adesso vuole fermare con qualsiasi mezzo coloro che si apprestano a svolgere un esperimento sull'atollo di Enika. Ed è sull'atollo, sul quale convergono tutti i protagonisti della vicenda, che avviene lo showdown...