Firenze, 1503. Sandro Botticelli è custode di un enorme segreto. Suo compito è proteggere l'identità dei discendenti di Gesù Cristo e Maria Maddalena. Quando Cesare Borgia fa rapire gli eredi della Sacra Stirpe, Botticelli chiede aiuto all'amico Leonardo che mette in atto un astuto stratagemma... Cloux, Francia, 1519.
Alla morte di Leonardo, il fedele discepolo Francesco Melzi riceve in eredità scritti e oggetti personali del maestro. Tra questi, un misterioso scrigno che da Vinci custodiva gelosamente... Parigi, 2004.
La nipote di uno storico e archeologo di dubbia fama s'imbatte in una strana serie di indizi legati a un enigmatico documento cifrato di Leonardo da Vinci, mentre una spietata organizzazione è pronta a cancellare per sempre la Stirpe Segreta...