Binti è una ragazza di etnia Himba, talmente brava in matematica e nella tecnica dell'astrolabio da venire selezionata per frequentare la prestigiosa Oomza University. È l'occasione della vita e così, nonostante le proteste della sua famiglia e le radicate tradizioni della sua terra, Binti fugge dal suo villaggio e si imbarca sulla Terzo Pesce per intraprendere il viaggio interstellare verso Oomza. Ma tutto cambia quando le Meduse, feroci creature belligeranti, attaccano l'astronave, uccidendo l'equipaggio, i passeggeri e gli altri studenti che Binti ha appena conosciuto. La giovane si trova così a doversela cavare da sola, intrappolata sull'astronave per cinque lunghi giorni prima di raggiungere la meta. Ma chi sono le Meduse? Binti scopre che dietro la loro storia, e la guerra che hanno scatenato contro i Khoush, si nasconde molto più di quanto non appaia. E ora una serie di compiti piuttosto gravosi le si para davanti: sopravvivere alla trasferta, proteggere gli abitanti del pianeta su cui ha sede l'ateneo e provare a usare i propri ineguagliabili talenti per porre fine a un conflitto sanguinoso.