Dopo molti anni, Nathan Never ritorna nel primo livello della Città Est, alla ricerca di due archeologi industriali scomparsi misteriosamente durante un'escursione. Molte cose sono cambiate rispetto al passato, l'acqua ha invaso quasi completamente la città sotterranea, divenuta il rifugio di creature mostruose, una progenie frutto di esperimenti genetici proibiti.