Siamo nell'estate del 2249 nella nebbiosa San Francisco del futuro.
Colui che diventerà il capitano James Tiberius Kirk al momento è solo un diciassettenne indisciplinato e pieno di rabbia, bersaglio del rancore del giovane è sopratutto la Flotta Stellare, che agli occhi di Kirk, è stata totalmente incapace di fermare il massacro di civili su Tarsus IV dal crudele governatore Kodos durante la peggiore carestia che l'umanità ricordi.
Kirk, lui stesso uno dei pochi sopravvissuti di Tarsus IV ha giurato a sé stesso che non metterà mai più piede nello spazio.  Per amore di una giovane cadetta della Flotta Stellare  Kirk e il suo imbelle fratello Sam decidono però di investigare su un misterioso furto.
Nella stessa San Francisco muove i primi passi un confuso Spock ossessionato da tutta una serie di crimini all'ambasciata vulcaniana, furti che potrebbero coinvolgere il suo stesso padre: l'ambasciatore Sarek.
Sarà solo una misteriosa minaccia che potrebbe mettere fine alla stessa esistenza della Federazione a costringere due ragazzi che a stento si sopportano ad unire il loro cammino.