Tempe Brennan è in trasferta a Chicago: l'agente speciale Seeley Booth ha bisogno di lei per fare luce sul mistero di uno scheletro abbandonato con un messaggio di sfida sui gradini del palazzo dell'Fbi. Mentre appaiono altri scheletri, e Tempe scopre che le ossa che li compongono provengono da persone diverse, alla pista del serial killer se ne affianca un'altra. Conduce a un regolamento di conti all'interno della mafia di Chicago, e a una scia di delitti che risale a molti decenni prima