Urbino, anno 1790. Un magister dell'Università cittadina viene trovato morto all'interno della Cattedrale. Lo stato del suo corpo lascia supporre che sia precipitato dalle impalcature erette all'interno dell'edificio per la ricostruzione della cupola, distrutta l'anno precedente da un terremoto. Ma Vitale da Montefeltro, uno studente destinato al sacerdozio, intuisce che dietro l'incidente si cela un enigma irrisolto. Dubita che il magister, grande cultore di antiquariato, sia morto per puro caso, e indagando sui suoi ultimi giorni scopre un fatto sconcertante: l'uomo era sulle tracce di un antico tempio dedicato alle Ninfe, nascosto all'insaputa di tutti nel sottosuolo della città. Vitale si appassiona al mistero, ma ben presto si rende conto che il magister non è morto per pura disgrazia. È stato assassinato. Tra i sospetti vi sono il priore della Cattedrale, il rectordell'Università e un inquietante individuo che vive nei sotterranei di Urbino.