Sono passati diversi anni dalle avventure del primo episodio e Bastian Bux (J. Brandis), dopo alcune scene dove discute con il padre e ricorda la madre defunta, si reca di nuovo nella biblioteca nella quale aveva preso 'in prestito il libro La Storia Infinita. Inizialmente il ragazzo si dirige li per farsi dare qualche testo con suggerimenti per superare alcune fobie (come le vertigini) ma ecco che improvvisamente si sente chiamare da un libro: Bastian, Bastian, abbiamo bisogno del tuo aiuto... Il libro in questione è proprio La Storia Infinita. Bastian chiede al signor Coriander (il bibliotecario) di poterlo leggere nuovamente ma l'anziano gli domanda se avesse mai letto un libro due volte: i libri cambiano ogni volta che li rileggi, ridammelo. Bastian si trova dunque costretto a 'rubarlo' e scappare fino a casa, pronto a rileggerlo. Ma appena Bastian apre il tomo, si accorge che le scritte stanno scomparendo.. e come per magia viene risucchiato nel mondo di Phantasia, dove un altro pericolo è in agguato e minaccia di distruggere questo fantastico regno e tutti i suoi abitanti..