Dopo un conflitto durato un decennio, le tre potenti fazioni che si sono combattute brutalmente - gli enigmatici protoss, i selvaggi zerg e i terran - hanno finalmente stabilito il cessate il fuoco, ma la pace è tutto tranne che stabile. Quando si viene a sapere che un pianeta zerg incenerito tempo addietro è misteriosamente "rinato", la tensione esplode. La neutralità si trasforma in aperta ostilità e gli zerg vengono accusati di aver sviluppato armi biologiche letali per rinfocolare il conflitto. Una spedizione di soldati e di ricercatori terran e protoss dovrà fare luce sul misterioso pianeta "risorto" e sulle intenzioni dei suoi abitanti. Ma il lussureggiante paesaggio alieno è dimora di ben altri abitanti, creature avvolte dalle ombre che, se liberate, potrebbero cambiare il destino dell'intera galassia.