Firenze, 1476. Ezio Auditore ha diciassette anni, è figlio di un ricco banchiere alleato dei Medici, e trascorre molto del suo tempo assieme agli amici, tra divertimenti e bravate. Non ha un problema al mondo, e si gode la vita. Ma quella giovinezza spensierata termina bruscamente quando la sua famiglia viene ingiustamente accusata di aver cospirato ai danni del governo. Suo padre e i suoi fratelli vengono giustiziati dopo che Uberto Alberti, un magistrato corrotto alleato dei Pazzi, distrugge le prove che inchiodano i veri responsabili. Solo Ezio, miracolosamente, riesce a sfuggire alla cattura. All'improvviso, è costretto a diventare adulto: deve nascondersi, difendersi, proteggere la sorella e la madre. Ma vuole vendetta. Si rifugia dallo zio a Monteriggioni, il borgo fortificato in alta Toscana, e scopre così che il padre era in realtà membro della setta degli Assassini, che da secoli si contrappongono ai Templari, dove militano sia i Borgia sia i Pazzi. Da quel momento e per molti anni Ezio si aggira per l'Italia, silenzioso e invisibile ma non privo di amici, per uccidere a uno a uno i Templari, di cui il padre gli ha lasciato una lista; è aiutato da Leonardo da Vinci, che costruisce per lui armi sofisticate, e da Niccolò Machiavelli, anch'egli membro dell'ordine degli Assassini.