Red Mesa, Arizona. Un'arida distesa di pietre e polvere, riserva naturale dei Navajo. Nelle viscere di questa terra lontana da tutto è nascosta Isabella, la macchina più costosa mai costruita dall'uomo: un acceleratore di particelle in grado di ricreare le condizioni energetiche del Big Bang e di svelare, forse, il mistero clic avvolge le origini dell'universo. L'ha concepita Gregory North Hazelius, ambiguo genio della fisica, con l'aiuto di una formidabile squadra di scienziati. Ma qualcosa va storto e, inaspettatamente. Isabella si ribella ai suoi creatori: durante un esperimento la macchina smette di rispondere ai comandi e gli scienziati si trovano faccia a faccia con una misteriosa entità che si serve di Isabella per inviare oscuri e minacciosi messaggi. L'opinione pubblica si divide e le ipotesi si moltiplicano; c'è chi pensa al manifestarsi di intelligenze extraterrestri e chi teme l'avvento di un nuovo culto (fondato sulla scienza contro le religioni tradizionali. Mentre cinici predicatori da talk-show chiamano a raccolta i fedeli nella crociata contro l'ennesimo Anticristo e l'FBI indaga sul controverso progetto Isabella, il supercomputer di Hazelius prepara l'ultima, e più inquietante, sorpresa…