400 d.C, Libia: la peste si abbatte sulla città di Silene. Giorgio, guardia personale dell'imperatore Diocleziano, promette al re della città la guarigione della figlia moribonda. 1945, Egitto, villaggio di Nag Hammadi: un povero pastore egiziano, scopre, all'interno di una caverna, un orcio di terracotta contenente un antico papiro. 1999, Città del Vaticano: due anziani preti vengono trovati morti in circostanze misteriose. 2008, Roma: nel sottosuolo dell'Istituto di Fisica Nucleare, un acceleratore molecolare sta per svelare l'esistenza della particella di Dio, il bosone di Higgs, l'elemento che, se scoperto, potrebbe rappresentare l'origine della materia. Per comprendere il senso di un'antica rivelazione, manca tuttavia ancora un tassello. Chi giungerà per primo a scoprire ciò che Gesù confidò al discepolo Tommaso? Due sono le forze che si fronteggiano, per conoscere il significato del messaggio al cui interno sembra essere contenuta la chiave per individuare un reperto prezioso. Un reperto che promette di svelare il numero di Dio.