Una terribile epidemia si è diffusa sulla Terra, la Peste di Atlantide, uccidendo più di un miliardo di persone e provocando una mutazione genetica nei sopravvissuti. Gli scienziati sono riusciti a sintetizzare un farmaco, l'Orchid, che arresta i sintomi, ma non cura la peste, e gran parte dell'umanità è stata ammassata in distretti dove il farmaco viene distribuito nella speranza di trovare prima o poi una cura definitiva. Tuttavia, un'organizzazione segreta conosciuta come Immari crede che la peste selezionerà la parte migliore e più forte dell'umanità, e, in nome di questa convinzione, è disposta a contrastare la diffusione dell'Orchid e la ricerca di una cura. La dottoressa Kate Warner - accusata ingiustamente di aver diffuso la peste e David Vale ,un soldato resuscitato grazie alla tecnologia aliena , entrambi fuggiaschi, sono alla ricerca spasmodica di una cura per la malattia mortale. A complicare le cose, la dottoressa Warner e il suo avversario, nonché capo degli Immari, Dorian Sloane, sembrano condividere ricordi del passato di Atlantide, di esseri alieni che hanno manipolato il genoma umano in ere lontane con lo scopo di servirsene in un futuro che sembra ormai sempre più prossimo. Riusciranno Kate e David a salvare la razza umana, risolvendo il mistero del nostro passato e liberando il mondo dalla peste di Atlantide?